Работал в Институте экономики и организации промышленного производства СО АН СССР с 1974 по 1985 гг. в должности стажера исследователя и младшего научного сотрудника. С 1985 по 1994 г. ученый секретарь по экономическим и гуманитарным наукам УОНИ Президиума СО РАН. В 1994-1997 гг. работал в Сибирском торговом банке. С 1997 г. по настоящее время ведущий научный сотрудник отдела территориальных систем ИЭОПП СО РАН. Автор и соавтор 317 научных работ, в т.ч. 32 монографии и учебника. За последние 5 лет им опубликовано 81 работа, включая 6 монографий.
В.И. Клисторин участвовал в исследованиях и разработках по крупным научным проектам «Программа освоения и развитие зоны БАМ» (1974-1976), «Технико-экономическое обоснование развития Саянского ТПК» (1976-1978), «Прогнозирование социально-экономического развития Новосибирского Академгородка» (1978-1982), участвовал в разработке стратегического плана г.Новосибирска (1999), нескольких вариантов стратегии развития Сибири и Новосибирской области. В качестве ученого секретаря Президиума СО РАН принимал участие в разработке комплексной программы научно-технического прогресса по Западной и Восточной Сибири, планов и программ Сибирского отделения РАН, Концепции развития СО РАН, Устава СО РАН и др.
Работал в проекте ТАСИС EDRUS 9602 “Региональная политика, направленная на снижение социально-экономической и правовой асимметрии”, сотрудничал с Санкт-Петербугским политологическим и гуманитарным центром “Стратегия” в рамках проекта “Городские жители и власти – на пути к сотрудничеству. Бюджет, который можно понять и на который можно влиять”, по программе «Совершенствование преподавания социально-экономических дисциплин в вузах» Инновационного проекта развития образования Национального фонда подготовки кадров (НПФК).
В.И. Клисторин участвовал в разработке Стратегии экономического развития Сибири до 2020 года (2005 –2010), Концепции федеральной целевой программы «Сибирь» на 2008-2020 годы (2006), Стратегии социально-экономического развития Новосибирской области на период до 2025 года (2007-2009), Программы реиндустриализации экономики Новосибирской области (2014-2016), участвовал в работе по мегагранту «Социально-экономическое развитие Азиатской России на основе синергии транспортной доступности, системных знаний о природноресурсном потенциале, расширяющегося пространства межрегиональных взаимодействий»
В.И. Клисторин более 30 лет преподавал на экономическом факультете НГУ, руководил подготовкой курсовых и выпускных квалификационных работ, магистерских и кандидатских диссертаций.