1967—1969 — экономист Усть-Таркского отделения Новосибирской областной конторы Госбанка СССР.
1969—1985 — экономист первой категории, старший экономист, главный экономист, заместитель начальника планово-экономического отдела Новосибирской областной конторы Госбанка СССР.
1985—1988 — начальник отдела кадров Новосибирской областной конторы Госбанка СССР.
1988—1990 — начальник отдела денежного обращения Новосибирского областного управления Госбанка СССР.
1991—1992 — заместитель начальника Главного управления Центрального банка РСФСР по Новосибирской области.
1992—1993 — заместитель начальника Главного управления Банка России по Новосибирской области.
1993—1994 — и. о. начальника Главного управления Банка России по Новосибирской области.
Начав с должности кредитного инспектора ГУ ЦБ РФ Екатерина Жаботинская выросла до поста руководителя управления. С февраля 1994 года по 2013 год занимала должность начальника Главного управления Центрального банка РФ по Новосибирской области.
Окончила Омский финансово-кредитный техникум, а затем Новосибирский институт народного хозяйства — по специальности «Финансы и кредит».